由于羊膜穿次术在超音波监视下进行，加上技术熟练的妇产科医生进行，所以胎儿被刺伤的机会微乎其微，是一种相当安全的检查方法。少许人有一种错误的想法:一旦接受羊膜穿刺之后， 所有的胎儿异常都是因此而引起的。事实上，这种想法完全不合乎逻辑。因为即使染色体正常，也大约有2％的新生儿有某些缺陷。这些问题跟染色体无关，没有办法利用羊水分析诊断。即使当初妈妈没有接受羊膜穿刺， 这些缺陷照样会出现。大家不应该把所有新生儿的畸型都归罪到某一项特定检查，这是不合理的。羊水穿刺导致的流产，大约在0.2%以下。